Профессиональная футбольная команда в Херсоне была создана в 1947 году («Спартак»). Коллектив несколько раз менял название: «Маяк», «Строитель», «Локомотив», «Кристалл», «Таврия», «Водник», СК «Херсон», вновь «Кристалл» (с 2003-го).
Лучшее достижение в чемпионатах СССР (1947-1949, 1958-1991 гг.) – 5 место в украинской зоне второй лиги (1976).
Выступление в чемпионатах независимой Украины «Кристалл» начал в первой лиге (1992), после чего играл исключительно во второй. В сезоне-1997/98 херсонская команда заняла первое место в своей группе, но неудачно провела переходной турнир. Шесть раз коллектив был вторым, в том числе и в прошлом чемпионате, когда эта позиция позволила спустя 28 лет вернуться в первую лигу.
В разные годы «Кристалл» тренировали: Евгений Лемешко, Матвей Черкасский, Александр Гулевский, Виктор Зубков, Павел Садырин, Анатолий Байдачный, Игорь Гамула, Виктор Маслов, Александр Сапельняк, Иван Балан, Николай Федоренко, Сергей Шевченко, Сергей Пучков, Владимир Лебедь, Сергей Шевцов и другие специалисты. В прошлом сезоне путевку в первую лигу «Кристалл» завоевал под руководством Эдуарда Хаврова, который покинул свой пост в конце сентября 2020-го после того, как херсонская команда проиграла четыре стартовых матча текущего чемпионата. Сейчас главным тренером клуба является Сергей Валяев. Десять дней назад он сдал положительный тест на коронавирус.
В сезоне-2020/21 «Кристалл» сыграл два матча в Кубке Украины (ФК «Никополь» - 3:1, «Нива» Винница – 2:2, пенальти 3:4) и 10 встреч в первой лиге (МФК «Николаев» - 1:2, «Агробизнес» - 2:4, «Полесье» - 0:1, «Металлист-1925» - 1:2, «Волынь» - 0:1, «Авангард» - 1:2, «Горняк-Спорт» - 1:3, «Оболонь» - 1:0, «Верес» - 2:3, «Прикарпатье» - 1:1). В составе «Кристалла» выступают бывшие футболисты молодежного состава «Черноморца»: Малыш, А. Чернышев, Мартян, Клюев.
История официальных встреч «Черноморца» с херсонскими командами берет свое начало в 1947 году. В чемпионатах СССР соперники сыграли 8 матчей: «моряки» победили в пяти при трех ничьих, разность мячей 14-5. В марте 2000 года «Черноморец» уступил СК «Херсон» в 1/16 финала Кубка страны (0:1). В чемпионатах Украины команды встретятся впервые.
